在傳統的廣角光學落射熒光顯微鏡，標本發出二次熒光經常發生通過激發卷和掩蓋的特點在于客觀焦平面分辨率。

較厚的標本（大于2微米），這通常表現出這樣的熒光高度的較細的細節丟失的問題更為復雜。

共聚焦顯微鏡提供只有邊際改善軸向（Z;沿光軸）和橫向（x和y在試樣的平面）光學分辨率，而且是能夠排除在從焦平面從產生的圖像區域的二次熒光。

即使分辨率有所提高共聚焦顯微鏡比傳統的廣角技術，它仍然是比透射電鏡少。

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